Prilikom osnivanja Etnografskog muzeja 1919. godine u inicijalni fundus ušlo je oko 1500 predmeta izvaneuropskih kultura iz Arheološko-historijskog odjela Narodnog muzeja, Umjetno-obrtnog muzeja i iz zbirke Salamona Bergera.
Predmete su većinom darovali kolonijalni službenici, trgovci i pomorci. Zbirka je kasnije dopunjena darovima misionara, stranih vlada, putnika i brojnih pojedinaca. Dio predmeta sabrali su građani koji su u vrijeme Jugoslavije radili i živjeli u zemljama Globalnog juga.
Zbirka danas broji više od 3500 predmeta, od kojih je najveći broj iz Afrike, potom Azije, Australije i Oceanije te Južne Amerike. Ona nije rezultat sustavnog prikupljanja muzejskih stručnjaka, već se gotovo isključivo zasniva na darovima. U Zbirci se nalaze predmeti svakodnevne uporabe, oružje, vjerski i ritualni predmeti. Njezin prvotni naziv Egzotična i kasniji Zbirka izvaneuropskih kultura pokazuje kako su percipirani predmeti, ali i ljudi koji su ih izradili i koristili. Na njih se gledalo kao na nešto strano, drugačije, što nije definirano europskim kulturnim prostorom.
Predmeti iz Zbirke izlagani su u svim dosadašnjim stalnim postavima Muzeja, uglavnom po geografskoj podjeli i odvojeno od predmeta nacionalne kulture. Autor prvog postava bio je kustos Mirko Kus Nikolajev. Kustosica Aleksandra Lazarević sustavno se bavila Zbirkom od 1965. do 1987. godine. Objavila je dnevnike Dragutina Lermana i obradila građu braće Seljan. Od 2012. godine u Muzeju se radi na digitalizaciji, dostupnosti i prezentaciji Zbirke te razmjeni znanja i iskustava s drugim stručnjacima i muzejima.